$!
$! A simple Procedure  for finding water peaks. They can be compared with
$! the ones from toxd.pdb
$!
$!
$!########################################################################
$! Remove the original waters from toxd
$!########################################################################
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.pdb xyzin 
$ass/user CCP4_SCR:temp.pdb xyzout
$pdbset 
# change all chain names to a
CHAIN A
# change water chain name to z
RENUMBER INCRE 0 60 TO 123 CHAIN A TO Z
$!
$!########################################################################
$! Remove the original waters from toxd
$!########################################################################
$pdbset XYZIN CCP4_SCR:temp.pdb XYZOUT CCP4_SCR:temp1.pdb
# select protein atoms only
SELECT CHAIN A
$!
$!########################################################################
$! Calculate sfs for final coordinates -
$!########################################################################
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.mtz hklin
$ass/user CCP4_SCR:toxd.mtz  hklout
$ass/user CCP4_SCR:temp1.pdb xyzin
$sfall
MODE SFCALC XYZIN HKLIN
FORM NGAU 2
RESO  10 2.0 40
RSCB  6 2.0
BADD 0
LABI FP=FTOXD3 SIGFP=SIGFTOXD3
LABO FC=FC PHIC=AC
$!
$!###################################################################
$!  Scale the Fc's to the Fo's
$!###################################################################
$rstats hklin CCP4_SCR:toxd.mtz hklout CCP4_SCR:toxd_sc.mtz 
	LABIN FP=FTOXD3 SIGFP=SIGFTOXD3 FC=FC PHIC=AC
	TITLE Fc scaled to Fo
        OUTPUT FOFC
        PROCESS FCAL
        WEIGHTING NONE
	RESOLUTION 10.0 2.0
        END
$!
$!########################################################################
$! Fo-Fc map from final coordintes.  
$!########################################################################
$ass/user CCP4_SCR:toxd_sc.mtz hklin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc.map mapout
$fft 
RESO 10 2.0
SCALE F1 1.0 0.0
SCALE F2 1.0 0.0
GRID 152 80 48
XYZLIM 0 151 0 79 0 12
BINMAPOUT
LABI F1=FTOXD3 SIG1=SIGFTOXD3 F2=FC PHI=AC
$!
$!  run mapmask to cover molecule
$ass/user CCP4_SCR:temp1.pdb xyzin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc.map mapin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc.ext mapout
$mapmask
BORDER 3.0
end
$!
$!########################################################################
$!  Some peaks may appear twice since map has been extended.
$!########################################################################
$peakmax XYZOUT CCP4_SCR:toxd_peaks.pdb MAPIN CCP4_SCR:toxd_fo-fc.ext
NUMPEAKS 1200
THRESHOLD RMS 1.5
$!
$!########################################################################
$! run atpeak to check distances within 3.6A
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd_peaks.pdb peaks
$ass/user CCP4_SCR:temp1.pdb xyzin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_waters.pdb xyzout
$watpeak
TITLE  Toxd contacts
DISTANCE 3.6 2.0
SYMMETRY 19
!HETATOMONLY ! use if only distances from O and N wanted