$! Procedure  for finding water peaks. 
$! An atom map generated with SFALL is used to mask out the protein regions in
$! both an fo-fc and 2fo-fc map.  These solvent maps are then averaged and 
$! searched for peaks.  
$!
$! fofcmap script does the same thing but only uses fo-fc map
$!
$!########################################################################
$! Generate atom map for final coordinates
$!########################################################################
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fc.map mapout
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.pdb xyzin
$sfall
MODE ATMMAP RESMOD
FORM NGAU 2
grid 152 80 48
SFSG 19
symm 19
$!
$!########################################################################
$! Calculate sfs for final coordinates -
$!########################################################################
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.mtz hklin
$ass/user CCP4_SCR:toxd.mtz hklout
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.pdb xyzin
$sfall
MODE SFCALC XYZIN HKLIN
FORM NGAU 2
RESO  10 2.0
BINS 40
RSCB  6 2.0
BADD 0
LABI FP=FTOXD3 SIGFP=SIGFTOXD3
LABO FC=FC PHIC=AC
$!
$!########################################################################
$! Fo-Fc map from final coordintes.  
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd.mtz hklin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc.map mapout
$fft
RESO 10 2.0
SCALE F1 1.0 0.0
SCALE F2 1.0 0.0
GRID 152 80 48 ! must be same as used for calc Fc map
XYZLIM 0 151 0 79 0 12
BINMAPOUT
LABI F1=FTOXD3 SIG1=SIGFTOXD3 F2=FC PHI=AC
$!
$!########################################################################
$! 2Fo -fc map from final coordintes.  
$!########################################################################
$!
$fft HKLIN CCP4_SCR:toxd.mtz MAPOUT CCP4_SCR:toxd_2fo-fc.map
RESO 10 2.0
SCALE F1 2.0 0.0
SCALE F2 1.0 0.0
GRID 152 80 48 ! must be same as used for calc Fc map
XYZLIM 0 151 0 79 0 12
BINMAPOUT
LABI F1=FTOXD3 SIG1=SIGFTOXD3 F2=FC PHI=AC
$!
$!########################################################################
$! exclude points from 2fo-fc map which occur in fcalc map
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fc.map  mapin1
$ass/user CCP4_SCR:toxd_2fo-fc.map mapin2
$ass/user CCP4_SCR:toxd_2fo-fc_masked.map mapout
$overlapmap
MAP EXCLUDE
$!
$!########################################################################
$! exclude points from fo-fc map which occur in fcalc map
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fc.map mapin1
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc.map mapin2
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc_masked.map mapout
$overlapmap
MAP EXCLUDE
$!
$!########################################################################
$! average 2 solvent maps now
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd_fo-fc_masked.map mapin1
$ass/user CCP4_SCR:toxd_2fo-fc_masked.map mapin2
$ass/user CCP4_SCR:toxd_av_masked.map mapout
$overlapmap
MAP AVERAGE
$!
$!########################################################################
$! run peakmax with electron density level 0.15  - look at 2fo-fc, fo-fc 
$!                                                 to get sensible level
$!########################################################################
$!
$!  run mapmask to cover molecule
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.pdb xyzin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_av_masked.map mapin
$ass/user CCP4_SCR:toxd_av_masked.ext mapout
$mapmask
end
$!
$!########################################################################
$!  Some peaks may appear twice since map has been extended.
$!########################################################################
$!
peakmax XYZOUT CCP4_SCR:toxd_peaks.pdb MAPIN CCP4_SCR:toxd_av_masked.ext
NUMPEAKS 1200
THRESHOLD rms 1.5
$!
$!########################################################################
$! run watpeak to check distances within 3.6A
$!########################################################################
$!
$ass/user CCP4_SCR:toxd_peaks.pdb peaks
$ass/user ccp4_master:[ccp4.examples.toxd]toxd.pdb xyzin
$Ass/user CCP4_SCR:toxd_waters.pdb xyzout
$watpeak
TITLE  Toxd contacts
DISTANCE 3.6
SYMMETRY 19
!HETATOMONLY ! use if only distances from O and N wanted